In 2006 voert Yamaha aan de hand van tips van gebruikers een uitgebreid pakket van verandering in. Ook introduceert Yamaha dat jaar de FJR1300 AS, de eerste semi-automatische motor ter wereld.

De FJR1300 A heeft in 2006 een totaal nieuw bodywork gekregen. Het doel van Yamaha was om het karakter van de FJR te behouden, maar meer comfort in het model te brengen en een iets moderner uiterlijk te te krijgen. Om het comfort verder te verhogen hebben de ontwikkelaars ook gekeken naar het windscherm. Het bereik van de ruit is vergroot naar 120mm, 40mm groter dan het vorige model. Tevens zijn er luchtkanalen onder aan de ruit bijgekomen die de berijder voorzien van frisse lucht en de druk achter het windscherm verlagen. De kuip kreeg links in het opbergvakje een 12 Volt sigarettenaansteker stopcontact, te gebruiken voor bijvoorbeeld het navigatiesysteem.

Op advies van gebruikers werd, om het comfort verder te verhogen, de grootte van de luchtinlaat voor de radiator vergroot en zijn er verschillende verstelbare ventilatieopeningen in de kuip toegevoegd, waaronder een nieuwe luchtinlaat onder het instrumentenpaneel. Zo wordt er meer hitte weggenomen bij de bestuurder. Tegelijkertijd hebben de Yamaha ingenieurs hitte isolatie aan het onderste gedeelte van de voorkant van de tank aangebracht om nog meer hitte richting de berijder te verminderen.

De nieuw ontworpen achteruitkijkspiegels, die horizontaal intrekbaar zijn, werden vergroot en kregen de kleur van de kuip. Andere veranderingen zijn de nieuw ontworpen koplampen, een nieuw achterlicht en de witte covers voor de knipperlichten. Het omvangrijke instrumentenpaneel kreeg als uitbreiding een nieuwe versnellings-positie indicator. De meters werden voorzien van een nieuw zilveren frame. Dit ziet er niet alleen mooier uit, maar ze zijn nu ook iets beter te zien.
Voor een hoog gevoel van comfort werd ook een progressieve gas-pulley geïntroduceerd. Door de aanpassing van de loop van de gaskabel heeft de gashandel in het lage en midden toerengebied een lichter gevoel.

Voor meer stabiliteit is gekozen voor een langere achterbrug. De nieuwe brug meet van het midden van het scharnierpunt tot het middelpunt van de achteras nu 567mm. Hiermee is hij dus 35mm langer dan die van het vorige model. Deze 6.5% verlenging geeft een betere rij-karakteristiek. Er is tevens een nieuw subframe aan de achterkant geplaatst om de motor gemakkelijker op de middenbok te krijgen. Door het nieuwe smallere subframe is de breedte van de motor verminderd als er zijkoffers geplaatst worden. Vanaf 2006 worden de zijkoffers standaard bij de FJR1300A geleverd. De FJR1300A werd voorzien van een verstelbare zitting die verhoogd of verlaagd kan worden in twee standen waardoor een verschil van 2 cm in zithoogte mogelijk is. Vanaf 2007 zit er standaard handvat verwarming op de alle FJR's: deze is vanaf 2006 al standaard op de AS uitvoering.

Vanaf 2006 zijn alle FJR modellen standaard uitgerust met ABS in combinatie met een CBS (Central Brake System; ook wel Unified Brake System). Dit geeft meer stabiliteit tijdens het remmen. Als nu de achterrem wordt gebruikt wordt automatisch door het ABS CBS systeem de voorrem in verhouding ook meegenomen. Hiervoor gebruikt het systeem de onderste twee zuigers van de rechter vierzuigerremklauw aan de voorkant. Om een gelijkmatige en progressieve rem actie te verkrijgen zijn de twee zuigers in de rechter voorremklauw iets kleiner dan de andere zes zuigers in het remsysteem aan de voorkant. Het ABS CBS remsysteem wordt alleen ingeschakeld als de achterrem wordt gebruikt.

De 2006 modellen zijn uitgerust met een iets grotere middenversnelling. Dit heeft een toename van 2.7% in het totale versnellingsratio als gevolg, waardoor de motortoerentallen bij typische cruise-snelheden verlaagd worden en dus meer comfort opleveren.

In plaats van de platte radiator met de enkele ventilator zijn vanaf 2006 de FJR modellen uitgerust met een nieuwe gebogen radiator en zogenaamde twin-ring ventilatoren. Dit moet de rijeigenschappen op hoge snelheid verbeteren en meer koeling leveren.

---

---